台湾“教育部”2月1日表示，国际学术竞争日趋激烈，台湾各大学卓越发展的契机恐怕稍纵即逝，为达10年内挤进世界百大，必须集中资源，因此“国际一流大学”计划挑选至多2校补助，而学校以系所为基础，获得补助的学校把资源投入相关系所基础建设，这与教师团体主张补助系所的本意相同。

台湾教师会与台湾师大、中正、中央、政大等大专院校教师会当天下午召开记者会，建议政府5年500亿元新台币高教专案经费补助顶尖大学不如补助各校系所，“教育部”高教司对于此看法做出以上回应。

高教司说，世界知名大学的排名指标是以全校性做排名，“行政院”的“发展国际一流大学及顶尖研究中心”计划采拔尖重点补助，不是雨露均沾式的平均分给各校，而且经费分配是参考外国大学模式(block-funding)而不是计划型方式(project-funding)办理，这样才可有效提升台湾的大学竞争力。

高教司指出，台湾的大学与世界一流大学资源相差甚大，如果希望以有限经费的方式全面推动岛内大学校院系所跻身国际竞争的水准，还要假以时日。

台湾的大学校院已达145校，近10年大学数量成长2倍，教育资源却没办法相对扩充，严重影响教育品质的提升，高教司表示，“行政院”因此把“发展国际一流大学及顶尖研究中心”计划列入“新十大建设”计划，以10年至多1200亿元经费办理。