中国大规模蔓延的非典疫情，对于日本接受中国研修生派遣计划产生影响。许多地方的团体和企业先后冻结或无限期延长了中国公派研修生来日的计划，日本许多县市纷纷决定，暂停与中国友好省市的研修生来日学习事业。

据日本东方日报报道，广岛、岛根、冈山等县，一直接受着大量中国研修生来日考察和培训，非典发生后，这些地方政府相继宣布，将停止或无限期延长中国研修生来日计划。据日本媒体报道，按原定计划，有34名研修生将在今年4月到6月期间来日，在上述3县研修。而冈山、山口等县目前正在研究，是否也与广岛等县采取同样步骤。

5月7日，岛根县政府有关部门曾宣布，原定的来自宁夏回族自治区等的12人，将暂时中止来日，这批研修生本来预定在县立医院、农业试验所等部门研修。

同时，滋贺县于5月16日宣布，将今年度接受中国研修生的计划延期。滋贺县与中国的湖南省是友好省会关系，从1982年开始，每年接受来自湖南的青年技术人员，到县内企业和研究机关研修。按原定计划，6名研修生将于7月下旬抵达滋贺，学习环境、观光和医疗方面的知识，研修期到明年3月为止。县国际科表示，因接受研修生部门及企业对非典多有担心，所以做出了延期决定，尽管遗憾，但也是没有办法的事。